O jogo foi removido por causa dos direitos autorais do meme Troll Face, que aparece no rosto do personagem principal durante o jogo. O detentor dos direitos, disse que foi uma violação da sua marca, e que o criador do jogo não pediu nenhum tipo de autorização para usar a imagem Troll Face no jogo. Ele espera uma compensação monetária do criador do jogo para que Troll Face possa voltar ao eShop, senão, Meme Run continuará de fora da loja digital da Nintendo.
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