Quando os jogadores jogam todos os modos single-player com o Mewtwo, e terminam o modo 10-Man Smash com todos os personagens e o Pokémon. Em seguida, na hora de tentarem se conectar online, os jogadores recebem uma mensagem de erro dizendo que foram desconectados por conta de um erro na save. O erro pode afetar as duas versões do jogo, para Wii U e 3DS.
Apesar disso, a Nintendo revelou que já está trabalhando em uma correção para o erro e aconselha que os usuários evitem usar Mewtwo até o patch ser liberado.
